Assim como na última edição, o Cine PE 2016 terá 24 premiações. O tradicional troféu Calunga será entregue aos melhores nas três mostras competitivas. Os filmesda Mostra Competitivas de Longas-Metragens concorrerão a 12 prêmios: Melhor Filme; Melhor Direção; Melhor Roteiro; Melhor Fotografia; Melhor Montagem; Melhor Edição de Som; Melhor Direção de Arte; Melhor Trilha Sonora; Melhor Ator Coadjuvante; Melhor Atriz Coadjuvante; Melhor Ator e Melhor Atriz.
As produções selecionadas para a Mostra Pernambucana de Curtas disputarão os prêmios de Melhor Direção e Melhor Filme. Já para a Mostra Competitiva de Curtas Nacionais haverá 10 prêmios: Melhor Filme; Melhor Direção; Melhor Roteiro; Melhor Fotografia; Melhor Montagem; Melhor Edição de Som; Melhor Direção de Arte; Melhor Trilha Sonora; Melhor Ator; e Melhor Atriz.